Estos problemas estructurales se detectaron en la cubierta de la nave principal, en la que se ha visto que la estructura está dañada en diversos puntos debido a la entrada de agua de lluvia y al mal estado de la misma, existiendo  pudrición en numerosas correas y alfajías de la estructura de cubierta por la entrada continuada de agua de lluvia. El tablero de ladrillo cerámico sobre el que reposan las tejas también se encuentra fisurado por muchas zonas, comprometiendo así la estabilidad del faldón de teja.

A lo largo de los últimos años, debido a esta entrada continuada de agua se desprendieron en el interior de la iglesia zonas de la bóveda de cañizo y yeso y partes de la moldura de arranque de la bóveda, a lo que hay que añadir que en los muros de piedra y cajones de tapial de la fachada del patio, se detectaron grietas por asentamientos en las fábricas provocado por la entrada constante de agua de lluvia (toda la recogida por las cubiertas que tiene en su parte superior y la del propio terreno arenoso en el que se asienta) al cimiento del muro norte. La falta de mantenimiento y el agua que cae de los tejados ha provocado la pérdida de gran parte de los revestimientos de las fachadas de la iglesia y la aparición de grietas estructurales en la fábrica de piedra de la misma.

Las humedades que se observan en los revestimientos de la zona interior del presbiterio, pueden venir provocadas, en parte, por el agua de lluvia que se filtra en el terreno resultante en la zona norte de la parcela tras arruinarse el edificio que estaba adosado en este lado. Se cree que la vegetación y el terrizo de esta zona, situada alrededor de 1 m por encima del presbiterio, acumulan agua de lluvia y ésta se acumula en la zona inferior de los muros, ascendiendo por capilaridad y provocando las humedades en los revestimientos y zona septentrional del crucero.

Esta situación, unida a la existencia de morteros de cemento en las zonas inferiores del muro, no lo dejan “traspirar”. Además, al retirar la vegetación que había proliferado en contacto con el muro, se observa que existen grietas en la fábrica de piedra del muro, que se estiman que proceden del asentamiento de este vértice de la iglesia debido a la gran cantidad de agua de lluvia que recae sobre él.

Si bien aun quedan cosas por pagar y mejorar, al menos esta «reconstrucción» garantiza mas años de San Agustín para cofrades, cristianos y vecinos de la Silera