El museo nos da la oportunidad de recorrer la historia de la localidad de primera mano a través de sus testimonios arqueológicos. La ocupación en Montilla se remonta hasta la época de la protohistoria. El museo nos permite descubrir mil y una historias, con las que poder comprender la imagen y la configuración actual de la ciudad. Una de las piezas más significativas del museo es el escudo de los Marqueses procedente del Convento de San Lorenzo.
En el museo encontramos algunas de las piezas más significativas encontradas en Montilla, como el tesoro de Montilla, copia del original que se encuentra en el Museo Arqueológico de Barcelona.